Иван Игнатьевич Ушаков родился в 1718 г. близ села Бурнаково, между городами Романов (ныне Тутаев) и Рыбинск Ярославской губернии, в родовом имении Игнатия Васильевича (1670—1753) и Ирины Васильевны (ум. 1724) Ушаковых, и при крещении был наречён Иоанном.
Родители определили юношу на воинскую службу в гвардейский Преображенский полк в Санкт-Петербурге, где вскоре он был произведен в сержанты. Во время обычного шумного собрания гвардейцев, в самый разгар веселья, один из юношей внезапно упал замертво. Увидев умершего без покаяния товарища, Иоанн осознал непрочность мирского счастья. После этого, будучи двадцати лет отроду, Иван Ушаков оставил блестящую столичную жизнь гвардейского офицера и избрал стезю отшельника. Более трех лет он в одиночестве подвизался в лесной чаще на берегах Двины, а затем в Площанской пустыни Орловской губернии, в отдаленной лесной келлии. Как не имеющий паспорта, Иоанн был взят сыскной командой и доставлен в Санкт-Петербург. Шесть лет тяжких испытаний, лишений и скорбей изменили его неузнаваемо. Он был сух и бледен лицом, одет во власяницу, подпоясан простым ремнем. Но особенно поражала всех лежащая на нем печать глубокого смирения. «Не вменяю тебе побега в проступок и жалую прежним чином», – сказала императрица Елизавета Петровна. На это он ответил смиренной просьбой – дать умереть монахом. После трехлетнего послушнического искуса в Александро-Невской Лавре 13 августа 1748 года тридцатилетний Иоанн Ушаков был пострижен в монахи с именем Феодор. Постриг, в присутствии императрицы Елизаветы Петровны, совершил настоятель монастыря архиепископ Санкт-Петербургский и Шлиссельбургский Феодосий (Янковский), нарекший нового монаха именем Феодор, тезоименно великому князю смоленскому Феодору Ростиславовичу.
Видя и зная истинно подвижническую жизнь преподобного Феодора, государыня императрица Елисавета Петровна была к нему по-матерински милостива и внимательна. Бывая в обители, она всякий раз спрашивала, не обижает ли его кто. А наследник, впоследствии император, Петр Федорович и вовсе любил при случае повторить, что «в Александро-Невском монастыре только один монах – Ушаков», уважая его подлинное благочестие и добродетели. Жители же Петербурга, всякого чина и звания, вспоминая веселую жизнь сего отца в бытность его гвардейцем, удивлялись, видя настоящее его строгое монашеское житие и почет от царственных особ, и склоняли свои души к покаянию.
Преподобный всегда желал подвизаться в Саровской обители и в 1757 году выехал из Санкт-Петербурга. Прожив в Саровской пустыни два года, отец Феодор возымел намерение возобновить обедневшую Санаксарскую обитель, находящуюся в трех верстах от уездного города Темникова, на левом берегу реки Мокши.
10 августа 1764 года, к приезду отца Феодора, единственная церковь обители была ветха и бедна, деревянные келлии и ограда почти развалились, кровли сгнили. В строительстве отцу Феодору помогали средствами благотворители, почитавшие его за добродетельную жизнь в Александро-Невской Лавре. Преосвященный Пахомий, епископ Тамбовский, призвал к себе преподобного и умолял его быть в Санаксаре настоятелем, приняв священство. Старец по смирению отказывался от хиротонии, но, убежденный епископом, 13 декабря 1762 года был рукоположен в иеромонаха. Настоятелем преподобный Феодор был твердым и строгим. Днем или ночью всякий мог идти к настоятелю. При выходе от старца чувствовалась на душе свобода и тишина.
Заготовив необходимые материалы и получив от благотворителей и почитателей своих из Петербурга денежные пожертвования, отец Феодор по утвержденному архитектором плану приступил к постройке в обители нового храма. Под личным его наблюдением строительство храма производилась с 1765 по 1774 год. Когда были вырыты рвы в основании церкви, во время молебна прилетел рой пчел и сел на горнем месте будущего алтаря, прообразуя обильную благодать в обители и множество монахов в ней. Преподобный Феодор велел одному брату, о. Герасиму, огрести пчел в улей, и с тех пор появились в обители свои пчелы.
Но старца вновь ждало тяжелое испытание. По ложному доносу темниковского воеводы Неелова старец в 1774 году был сослан в Соловецкий монастырь. Для допросов отец Феодор был вызван в Воронеж, а оттуда заехал в Задонский монастырь к пребывающему там на покое святителю Тихону Задонскому. Он принял отца Феодора с великой любовью; три дня продолжалась между ними духовная беседа. При отъезде святитель Тихон провожал отца Феодора через весь монастырь, низко кланяясь напоследок. В Соловецком монастыре старец прожил девять лет в строгом заключении, нуждаясь в самом необходимом и испытывая страдания от холода и сильного угара. Не раз его едва живого выносили из келлии и оттирали снегом.
Суд Божий не замедлил над воеводой Нееловым, главным виновником ссылки святого страдальца. Неделя прошла только по отправлении отца Феодора, как в город Темников явилась шайка разбойника Пугачева и разграбила город. Трусливо сбежав и оставив вверенный ему город на разорение, Неелов за эти и многие прочие свои бесчинства был подвергнут суду и штрафу и вскоре умер в городе Шацке, публично покаявшись в содеянном против старца злодеянии.
Наконец, по ходатайству митрополита Санкт-Петербургского Гавриила и высочайшему повелению Екатерины II, отец Феодор получил полную свободу и возвратился в Санаксарскую обитель. В любимой обители старец продолжал усердно работать Господу. После непродолжительной болезни отец Феодор скончался в ночь на 19 февраля 1791 г. Тело его, хотя и лежавшее в теплой келлии до погребения, не издавало запаха тления. На могиле преподобного была положена плита с надписью: «Здесь погребен 73-летний старец иеромонах Феодор, по фамилии Ушаков, возобновитель Санаксарского монастыря, который пострижен в Александро-Невской Лавре, продолжал монашеское житие 45 лет; со всеми видами истинного христианина и доброго монаха 19 февраля 1791 года скончался».
Племянник преподобного Феодора Санаксарского – блестящий флотоводец святой адмирал Федор Ушаков, выйдя в отставку, также жил возле Санаксарского монастыря, скончался в 1817 году и был похоронен возле своего дяди.